Die Pfarrkirche St. Michael bildet den Mittelpunkt unserer Pfarrgemeinde. Ihre Entstehung ist verknüpft mit der Erbauung der Donaustaufer Burg im 10. Jahrhundert. Nach mehrmaliger Zerstörung wurde sie zuletzt im Jahr 1725 neu aufgebaut. die Innenausstattung ist in der Hauptsache neubarock.

Der Burgberg, an dessen Südhang die Pfarrkirche St. Michael erbaut wurde, ist seit über 4000 Jahre von Menschen besiedelt. Dies belegen Grabungen aus dem Jahr 1980. Die Burgruine oberhalb der Kirche zeugt von einer Feste, die etwa um das Jahr 930 errichtet wurde. Im Schutz der Burg wuchs die Ortschaft Donaustauf. Spätestens im Jahr 1245 war Donaustauf eine selbständige Pfarrei. Im 14. Jahrhundert wurde Donaustauf Sitz eines der vier Erzdekanate und damit eine der bedeutendsten Pfarreien des Bistums. Anlässlich der Belagerung der Feste Stauf im Jahr 1388 wurde die Pfarrkirche abgebrochen und 1397 wieder aufgebaut. Im Jahre 1475 erscheint als hiesiger Pfarrer Dr. Kaspar Kantner, Chorherr zur alten Kapelle, ein gewandter Geschäftsmann. Um Mitte des 16. Jahrhunderts beginnen endlich die hiesigen Pfarrakten, welche auf das Kirchenwesen, mitunter auch auf die politischen Geschichte von Donaustauf ein helleres Licht werfen. Der bekannteste unter den Erzdekanen in Donaustauf war Otto Heinrich Bachmair, Dr. der Theologie, der von 1622 bis 1634 zugleich Weihbischof von Regensburg war.

Die Pfarrei wurde von Kriegen und Katastrophen heimgesucht. Pfarrkirche und Burgkapelle wurden in Kriegen zerstört, der Pfarrhof brannte nieder. Die Pfarrkirche Donaustauf, die im Dreißigjährigen Krieg nieder brannte, wurde 1657 wieder aufgebaut. Aus den Geschichtsakten von Donaustauf weiß man, dass sie mehrere Vorgänger hatte, so wurde die Kirche, die dem heiligen Florian geweiht war, 1724 durch den großen Brand zerstört. Pfarrer Georg Friedrich Weinzierl hat die heutige spätbarocke Anlage neu erbaut und am 29. September 1730 auf den Schutzheiligen St. Michael konsekriert. Der Turm entspricht in seinem Unterbau einer älteren Disposition. 1860 hatte die Pfarrkirche bereits fünf Altäre und vier Glocken. Pfarrer Wallner (1913-1931) suchte die Kirche durch die Beschaffung von drei Altären und einer Kanzel zu barockisieren. Nach Entwürfen des Architekten Schmalz aus München wurden die Arbeiten vom Bildhauer Loibl in Stadtamhof ausgeführt. Die erst 1882 beschafften neuromanischen Altäre, die Kanzel und weitere Einrichtungsgegenstände wurden an die Katholische Kirchenstiftung Poxdorf verkauft.

In den Jahren 2013 bis 2015 wurde eine Außenrenovierung der Kirche durchgeführt. Dabei wurde ein Teil des Dachstuhls erneuert und die Kirche neu eingedeckt.